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在我开始做实验之前，Bassil 都是用化学的方式，用 Peptide Synthesizer 把蛋白质做出来。这个方法对于小一点的蛋白质可以，但对于大到 60 个 amino acids 左右的蛋白质就不行了，因为 coupling efficiency 不够，产量太低。所以非得用基因工程的方法。我们实验室？，从来还没有人用这种方法做成功过。
我因为设计的蛋白质有 56个amino acids，起初用Peptide Synthesizer 做产量太低，根本无法量产到够做后来的测试实验。而且这种方法非常贵。我只好想办法用基因工程的方法。
我们实验室有一个学生，以前是 UC Davis 生物系大学部的高才生，她不做蛋白质设计的软件，做别的题目。我和她研究这个基因工程要如何做法。她给我画出了实验步揍，我去买了实验原料，照着她画的步揍做。一开始总是做不成，前面的几个不揍还可以，但到了粘接的步揍总是不成。我再查了其它的书，和其它实验室的朋友请教，把每个实验步揍需要的时间，非常精准地写下来。然后带着一个定时器，只要定时器一响，就算是凌晨 3：00，我也照样从床上爬起来，从宿舍走到实验室进行下一个步揍。很多时后我干脆睡在实验室。这样过了几个星期，居然被我弄成了第一个蛋白质成品。这也是我们实验室第一次用基因工程的方法做出来 – 被一个理论物理出身从没作过生物实验的人做出来。从此 Steve和Bassil对我刮目相看，不但不阻止我做实验，还尽量鼓励我多做几个。
原来以前实验室没有半个人做出成果，是因为不按照时间来。可能凌晨 3：00 该起来做下一步时，他睡到上午 8：00。或者星期五晚上，该做下一步实验是，他去吃饭跳舞。只有我这个笨蛋，愿意随身戴一个定时器，照着自然的规矩来。等我熟能生巧后，我就可以安排做实验的时间，而不必再过那种非人的生活了。
这样的日子足足过了三年。那段时间，有两次爸爸、妈妈从台北到美国来看我，我竟然抽不出时间到旅舍去会他们，他们到学校？来，我也只能匆匆跟他们打个照面。他们心疼得不得了，尤其是我妈妈，我看到她的眼睛一离开我，就在掉眼泪。
很多人也问我，Alyce，你为何一个博士花了那么久才拿到。其实，如果我愿意选一些无足轻重的题目，随便弄个计算机模型跑一跑，也可以毕业。这种博士有很多的。但我选择了硬干，从一个理论物理学家，一个生物实验都不懂，到做出实验室第一个基因工程的实验，我向一个重要却困难的题目挑战，而得到了好的成果。现在很多人知道我是台湾最历史上最年轻的女博士，一来现在大家都去念 MBA 了，二来，如果那是我入加州理工的志愿，我还可以更早毕业。
现在，「蛋白质工程」在学术界已是很红、很热的题目，可是在我起步的那时候，我却是孤独的。
＇9＇ 蛋白质工程研究成果得奖
1997 年初，我还没有完成博士学位论文，也就是尚未毕业，但我发表的蛋白质工程相关论文，已使美国的学术界注意到我这个人。麻州理工学院有个大大有名的教授卡尔 …柏波（Carl Pabo），是诺贝尔奖评审团的委员之一。我的博士论文指导教授Steve Mayo由于只是助理教授 Assistant Professor，要升正教授，其研究成果必须得到美国研究领域最上层的认可。卡尔…柏波就是这类权威人士的代表。于是Steve Mayo便请 Carl Pabo由东岸的麻州理工学院飞到西岸的加州理工学院来亲自审核我们实验室的研究成果。
Carl Pabo来时，时间排得很紧。既有安排他的专题演讲，每个加州理工学院的教授们，尤其是年轻的助理教授，都排队要见他。应届毕业的研究生们，想继续在科学界找工作的，都抢着要当他的招待。那时因为Carl Pabo是我的博士论文指导教授请来的，而我的研究成果，和Bassil Dahiyat 的都是我们实验室研究成果的代表，我有幸和一些应届的精英研究生和Carl Pabo一起用中饭。
我向他解释我的研究题目及结果，他认为我的题目选得很好，不但把古代和现代经典的研究方法连在一起，有实验结果证实这套方法的可行性，并兼具研究及商业的价值。
以他在科学界的地位，能被他注意到，是非常不容易的。经过他一品题，身价就不祇暴增十倍了。由于柏波教授的推荐，我得了美国蛋白质学会的学术奖。这个奖颁给我这个二十出头的「黄毛丫头」，让学术界大感意外，因为这个奖在美国蛋白质学术界是很崇高的，许多人在争取，不够天分的科学家可以为它努力了一辈子还得不到。
＇10＇ 柏波提示我走从商之路
当天下午我的博士论文指导教授 Steve Mayo 赶紧把Carl Pabo拉到他的办公室，好好地讲解他的研究成果一番。那天下午我恰好身体不舒服，先回宿舍休息。傍晚忽然来了一个电话，是Steve Mayo打来的，问我晚上去哪里吃饭。我正纳闷，因为Steve Mayo向来不打电话到我宿舍的。结果电话那头忽然转手，Carl Pabo把电话抢了过去，并说“把中间人干掉 （Let’s eliminate the middle…man）”他问我晚上可否和他单独一起用餐。
这个机会是多少人求之不得的，我当然说好，虽然我身体不舒服。
遵照他的吩咐，我替他带来一些素食，到他下榻的Athenaem去。他坐在床上打坐，我坐在和床离一段距离的书桌旁边的椅子上，和他聊天。
我当时知道以自己的能力，不论想往何处发展，总是有志者事竟成，连理论物理都能转到实验生物科技。但我对是否留在科学界，有很大的疑问。我的个性喜欢和人打交道，作研究太孤独了。我那时已经开始看华尔街日报，也觉得华尔街日报的内容很有意思。但加州理工学院是一个非常与世隔绝的地方，连商学院都没有。我不晓得原来我的性向是喜欢从商的。
Pabo告诉我，他在科学界这么久，他觉得科学界和宗教最像。如果我决定在科学界发展，他以爱才之心，愿意全力帮我。但柏波又说：“科学界的天才已够多了，天才们想出来、做出来的东西，要放到市场？，做最好的推广，让许多人能够享用，这件事也要有天才去做”。
他这话让我觉得很有意思，只是我从小到大做的都是科学家梦，现在已到了实现的边缘，这时要换一个大方向，真有点不知从何说起的感觉。
柏波教授再说：“你考虑一下我的建议罢！我有一个学生叫Philip Ma，过去在我的实验室表现得很优秀，但大学在英国牛津念生意的，一天到晚看华尔街日报，后来被招进了麦肯锡公司，居然有更杰出的表现。如果你想走这条路，我可以介绍他跟你谈谈”。
过了几天，柏波的这个学生Philip Ma菲立甫…玛，果然打电话给我。跟菲立甫一谈，我才知道在科学之外，还有一个宽广而多彩的世界，商业是一个足可与科学抗衡的行业。我也才知道了麦肯锡公司是干什么的。这些东西引起我很大的兴趣。
＇11＇ 用蛋白质工程研究成果换取美国绿卡
1997年中，我的博士论文大纲及相关数据都已准备齐全，要写的话可以很快写完，也开始想加州理工毕业之后该做什？。这时我发现没有美国绿卡是多麻烦的一件事。不但很多奖学金，很多工作，都无法申请，而且也听说很多老板会故意拖延替你申请绿卡的程序或种类，如此他可以多用低薪留住你，使得许多移民都是廉价劳工。一个中国人，在美国只好照美国的规矩。那时我一心想在美国工作，绿卡非常关键。
那时美国也体认到高等智慧移民的有用，故开了一个新的移民种类，叫National Interest Waiver 国家利益豁免，是Alien of Exceptional Ability杰出人才的一种。
我听说加州理工的华人博士生圈中已有几个案件通过了，以上述的方式得到绿卡。我便向他们请教。原来重点是研究成果和推荐信，这个我不缺。从美国国会议员，诺贝尔奖得主，大公司老板，名教授，都不吝大力推荐。我照着这些华人朋友的范本，把这些推荐信放入。幸运的也通过了，以此获得美国绿卡。
＇12＇ 蛋白质工程研究成果申请专利，向创投公司融资，开生物科技公司XENCOR
1997年底，我的博士论文已全部完工。论文题目是：「Coupling Backbone Flexibility and Amino Acid Sequence Selection in Protein Design」，这已不是物理学的论题，完全偏向生物科技尤其是蛋白质工程方面，但是因为我进学校时是由物理系收我的，所以我仍被列为物理学博士。
Steve和Bassil作的成果也被发表在Science杂志。此时，他俩正积极的为他们的研究成果申请专利，找创投公司融资，开一家公司叫 XENCOR。这时我才发现，我辛苦了这？久，把我的青春放在实验室？这么多年，也为他们作出成果，原来一点股权也没我的份。Bassil说，为了保险起见，他希望为我申请专利，然后XENCOR 可以向我申请专利，付我专利金。这个意思就是希望买断我所做的蛋白质设计的研究成果，以免那一天我自己找到了风险投资家融资，和他们竞争。Steve 也从此不在公开科学发表场合介绍我的研究成果。我一个手无寸铁的博士研究生，能有什么还价的余地呢？
从那时开始，我义无反顾的踏进商业界。
XENCOR 目前是美国生物科技界一个被视为很有前途的事业，Bassil是CEO。很多台湾的风险投资家都知道 XENCOR 这个公司，也很想再去投钱。很多作生物科技创投的朋友，也会把手上的营运计划让我看，让我来帮忙评估，因为像我这样有踏实生物科技背景，再加上有日后 McKinsey 和 Goldman Sachs 的工作经验的，实在不多见。
＇13＇ 创办领导加州理工学院的Case Practice Group进军麦肯锡
1997年9月到1998年6月的毕业典礼，是我一生很大的转折点。25岁之前，我从来不觉得钱很重重要，甚至对钱一点概念都没有。这一年，一来看到自己的博士论文指导教授在钱的面前，对自己的学生是一点也不保护。同时又开始接到爸妈从台湾的一些电话，问什么时候可以开始找工作，赚钱，买房子。真是废话。我那时只恨为什么没有人早告诉我这些东西，我的那些时间可以用来学如何赚钱的，都被浪费在实验室？。然后，一个加州理工博士又能卖到多少钱？
我以壮士断腕的心态，打定主意，非从商不可。
从商，对一个加州理工博士谈何容易？ 所有美国顶尖的大学都有商学院，就是加州理工没有。我那时知道唯一有名的商业团体来做校园征才的就是 McKinsey 麦肯锡咨询公司。我想，加州理工可能有一群想从商的人，我一定要把这一群人找到，聚集在一起，互相学习，分享资源，在最快的时间内找到好的商业工作。
因为麦肯锡在面试时，很重要的一环，就是所谓的Case面试。这些Case是真实商业界里面大公司会遇到的问题。麦肯锡就是以这些 Case来淘汰那些没有商业感business sense的博士生。因为我那时一心想进麦肯锡，故把这个团体取名为Case Practice Group，顾名思义，就是让大家一起来收集，练习，以破解麦肯锡考博士生的Case。
我建了一个网站，解释了Case Practice Group的宗旨，活动方式，也放了一些收集到的考题，我这个创办人的电子邮件以供大家联系。然后做了很多海报，一点也不华丽，就是白纸黑字，把网站的内容及网址放上，然后自己一张张的贴在校园最显眼的地方。1997 年那时网站还在学校酝酿，没有掀起后来的网络疯狂 internet frenzy。我那时就发现加州理工这种地方，用网站和电邮是最方便有效的广告及联系方式。
我一提出这个建议，尚根本不是「登高一呼」，竟然有廿七个人写电邮给我来报名参加。加州理工很少有这样大的社团，特别是以研究商业为目的的社团，我这个物理学博士候选人，理所当然的成了这个社团的头。我举办了第一次的社团聚会。
这时有人在我们的社团活动中提出，现在好像有一种趋势，许多大银行、证券公司、咨询公司，常到学校中来招收学自然科学的人，似乎对数学程度好、反应快的人特别有兴趣。而过去，这类单位只在社会科学的范畴招人。
这个问题提出来后，引起整Group成员强烈关注。因为加州理工的毕业生以往的出路，几乎固定是科技界，而现在科技界似乎有人