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有封冻、枯水等非通航期的企业，非通航期留船船员工资和职工福利费，应按实际发生数记入“船舶维护费用”中的“工资”和“职工福利费”项目。因发生洪水或建设水利、水电设施造成断航，船舶在断航期留船船员工资和职工福利费，记入“营业外支出”。非通航期或断航期从事其他业务的船员工资及提取的职工福利费，应分别由其他业务成本负担。
2。从事装卸、堆存、港务管理业务的职工工资和职工福利费，应根据实际发生数，分别直接记入“主营业务成本――装卸支出”、“主营业务成本――堆存支出”、“主营业务成本――港务管理支出”中的“工资”和“职工福利费”项目。
3。从事其他业务人员的工资及职工福利费，应当按照业务种类归集，直接记入“其他业务支出”中的“工资”和“职工福利费”项目。
4。辅助营运部门人员及企业自营港埠人员、船队管理等人员的工资及职工福利费，应按实际发生数在“辅助营运费用”和“营运间接费用”中的“工资”及“职工福利费”项目中归集，并按规定的分配方法，记入有关营运业务成本或期间费用。
5。企业揽货部门或营销部门人员的工资和职工福利费，应当根据实际发生数，记入“营业费用”中的有关项目。
6。为管理和组织营运生产活动的企业行政管理人员的工资和职工福利费，应当根据实际发生数，记入“管理费用”中的有关项目。
三、固定资产折旧费用的核算
企业的固定资产应按月计提折旧。月末，财会部门按照不同的成本计算对象和成本责任部门汇总编制“固定资产折旧费用计算分配表”，据以分别记入相关营运业务的成本或期间费用。
1。运输企业的船舶折旧，一般按单船计提；对于海洋运输船舶可以按船舶的主要部件分别计提。其他固定资产的折旧，应按照单项固定资产计提。月末，财会部门应汇总编制“船舶折旧费用计算分配表”和“其他固定资产折旧费用计算分配表”，按照不同的成本计算对象和成本责任部门，分别记入“船舶固定费用”（海洋运输企业）、“主营业务成本――运输支出”（内河运输企业）、“其他业务支出”、“集装箱固定费用”、“辅助营运费用”、“营运间接费用”、“管理费用”中的“折旧费”项目。
有封冻、枯水等非通航期的内河运输企业，其全年船舶计提的折旧费，应由通航期成本负担。计算公式如下：
因发生洪水或建设水利、水电设施造成断航，船舶在断航期的船舶折旧费，记入“营业外支出”科目。
非通航期或断航期适逢船舶正常修理期，则非通航期或断航期的船舶折旧费，无须分摊由通航期成本负担，可直接列入当期成本。
2。港口企业应当按照港务设施、库场设施、通迅设施、装卸机械、船舶、车辆、机器设备等资产类别单项计提折旧。月终，企业应当编制“固定资产折旧计算表”，按照不同的成本计算对象和成本责任部门，分别记入“主营业务成本――装卸支出”、“主营业务成本――堆存支出”、“主营业务成本――港务管理支出”、“辅助营运费用”等科目中的“折旧费”项目。
四、固定资产修理费用的核算
企业发生的固定资产修理支出，均应据实列支，记入当期的相关营运业务的成本或期间费用。
1。企业船舶发生的修理费，应当按照单船（或船舶类型）进行归集；其他固定资产发生的修理费用，应当按照固定资产类别归集。根据修理费用结算单据，分别记入“船舶固定费用”（海洋运输企业）、“主营业务成本――运输支出”（内河运输企业）、“主营业务成本――装卸支出”、“主营业务成本――堆存支出”、“主营业务成本――港务管理支出”、“其他业务支出”、“集装箱固定费用”、“辅助营运费用”、“营运间接费用”、“管理费用”中的“修理费”项目。
2。有封冻、枯水等非通航期的内河运输企业，其非通航期船舶发生的修理费用，应由通航期成本负担，其分摊方法比照非通航期船舶折旧费的计算公式计算分摊。因发生洪水或建设水利、水电设施造成断航，其断航期船舶发生的修理费用，应记入“营业外支出”科目。非通航期或断航期适逢船舶正常修理期，则非通航期的船舶修理费用，无须分摊由通航期成本负担或记入“营业外支出”科目，可直接列入当期成本。
3。经营性租赁租入的固定资产的修理费用，应根据租赁合同规定处理，应由企业承担的修理费用，按实际发生数记入相关营运业务成本和期间费用。
五、固定资产租赁费用的核算
企业因从事营运活动以经营租赁形式租入其他单位的固定资产而发生的租赁费，应由相关的营运业务成本负担，分别列入“主营业务成本――运输支出”、“主营业务成本――装卸支出”、“主营业务成本――堆存支出”、“主营业务成本――港务管理支出”、“其他业务支出”中的“租费”项目。
企业因从事营运活动以融资租赁方式租入其他单位的固定资产而发生的租赁费，不得直接记入有关营运业务的成本。
六、无形资产费用的核算
企业的无形资产应当自取得当月起在规定的期限内平均摊销，记入“管理费用”中的“无形资产摊销”项目。
七、待摊、预提费用的核算
属于本月支付而应由以后各期营运费用负担的摊销期在一年以内的各项费用，应列入“待摊费用”科目，按照规定分期摊销记入相关营运业务的成本或期间费用；应由本期营运费用负担而在以后各期支付的各项费用，应列入“预提费用”科目，按照规定预提记入当期相关营运业务的成本或期间费用。
待摊费用应按照费用项目的受益期限确定摊销额，摊销期限一般不超过12个月。预提费用的项目和标准由企业根据具体情况确定。预提数与实际数发生差异时，应及时调整预提标准，多提数应冲减相关营运业务的成本或期间费用，少提数应记入费用支付期相关营运业务的成本或期间费用，年终财务决算时一般不留余额。需要保留余额的，在年度会计报表附注中应予以说明。
月末，企业财会部门应按照不同的成本计算对象和成本责任部门编制“待摊费用和预提费用计算分配表”，据以填制记账凭证分别记入相关营运业务的成本或期间费用。
有封冻、枯水等非通航期的企业，或因发生洪水或建设水利、水电设施造成断航，非通航期或断航期的船舶维护费等不在“待摊费用”、“预提费用”科目中核算。
八、长期待摊费用的核算
企业发生的摊销期限在1年以上（不含1年）的各项费用，应列入“长期待摊费用”科目，按照一定的摊销期限、摊销方法记入相关的营运业务成本或期间费用。
九、事故损失费用的核算
企业发生的海损、机损、行车事故和人身伤亡事故损失，应按实际发生的净损失（事故损失减去保险公司赔款后的差额）记入当期相关业务的营运成本。当年不能结案的事故，可按规定估计净损失预提事故费用，记入当年相关业务的营运成本；以后年度结案时，应将实际净损失与预提数的差额，调整结案年度相关业务的营运成本。
企业发生的货损、货差等质量事故损失（包括货物在运输或装卸过程中，因企业的责任所发生的货物丢失、短缺、毁损、受潮、污染、差错等事故，以及受损货物的削价损失费用等），在扣除过失人支付的赔偿金额后，按净损失记入有关成本、费用的“事故损失”项目。属于不可抗力造成的质量事故损失，按实际损失扣除残值和保险公司赔款后的净损失，记入当期营业外支出。
十、税金费用的核算
企业按规定交纳的车船使用税、房产税、土地使用税和印花税等税金，应由相关营运业务成本负担的，分别列入“船舶固定费用”（海洋运输企业）、“主营业务成本――运输支出”（内河运输企业）、“主营业务成本――装卸支出”、“主营业务成本――堆存支出”、“主营业务成本――港务管理支出”、“其他业务支出”或“辅助营运费用”、“营运间接费用”中的“税金”项目；应由期间费用负担的，列入“管理费用”或“营业费用”中的“税金”项目。
十一、其他费用的核算
企业在营运过程中发生的与营运生产活动有关的其他费用，如港口费、航道养护费、过闸费、养路费、运输管理费、保险费、劳动保护费、劳动保险费、业务招待费、办公费、差旅费、工会经费、职工教育经费及其他费用，应按不同的成本计算对象和成本责任部门，以实际发生数记入相关营运业务的成本或期间费用。
1。运输船舶按规定支付的航道养护费、过闸费，应按实际发生数或协议包干数，直接记入有关“主营业务成本――运输支出”中的“航养费”项目。
2。运输船舶在营运过程中发生的港口费、集装箱货物费、转口费、倒载费、吨税、过境税、运河费、灯塔费、货物装卸费、速遣费等应根据原始凭证，按照实际发生数记入“主营业务成本――运输支出”中的“港口费”等项目。
十二、辅助营运费用的核算
辅助营运费用，是指企业辅助营运生产部门在营运生产期间发生的辅助船舶费用和辅助生产部门生产产品和提供劳务所发生的辅助生产费用。
1。辅助船舶费用，是指企业所属辅助营运部门为营运生产服务的辅助船舶，包括由轮驳公司等部门集中管理的拖轮、驳船、浮吊、供应船、交通船等发生的各项费用。企业应设置“辅助营运费用――辅助船舶费用”科目，按单船（或船舶类型）设置明细分类账，并按相应的费用项目设置专栏进行明细核算。
辅助船舶费用的支出项目及具体内容为：工资，指按规定支付给辅助部门船员的工资；职工福利费，指按规定提取的职工福利费；燃料，指辅助船舶所耗用的各种燃料；润料，指辅助船舶实际耗用各种润滑油料；材料，指辅助船舶在营运中耗用的各种物料；折旧费，指辅助船舶按规定计提的折旧费；修理费，指辅助船舶实际发生的修理费用；港口费，指辅助船舶发生的港口费用；事故损失，指辅助船舶在营运过程中所发生的海损、机损等事故净损失；保险费，指辅助船舶参加财产保险应负担的保险费；税金，指企业按规定交纳的各种车船使用税、房产税、土地使用税等；劳动保护费，指企业按规定发放的船员劳保用品及安全措施费用；其他费用，指辅助船舶发生的不包括在上述项目内的其他费用，包括应由辅助船舶负担的各种营运间接费用。
企业发生的辅助船舶费用能直接记入各项营运业务成本的，应直接记入，不能直接记入的按一定的分配标准分摊由各项营运业务成本负担。辅助船舶费用分配标准由企业根据情况合理确定。
2。辅助生产费用，是指企业所属辅助生产部门为营运生产提供产品和劳务所发生的各种费用。企业应设置“辅助营运费用――辅助生产费用”科目，按辅助生产部门及产品和劳务等成本核算对象设置明细账，并按相应的成本项目设置专栏，进行辅助生产明细核算。
辅助生产成本项目分为直接费用与制造成本。直接费用，指辅助生产部门发生的直接费用，具体内容包括：工资，指按规定支付给生产工人的工资；职工福利费，指企业按生产工人的工资提取的职工福利费；材料，指生产产品和提供劳务作业直接耗用的材料、配件等；燃料，指生产产品和提供劳务作业耗用的燃料；其他直接费用，指其他直接用于产品生产和提供劳务作业发生的直接费用。制造费用，指企业为生产产品和提供劳务而发生的各项间接费用，具体内容包括：工资，指按规定支付给车间管理人员的工资；职工福利费，指按车间管理人员的工资提取的职工福利费；材料，指车间领用的不能直接记入某项产品或劳务的材料；燃料及动力照明费，指车间耗用的燃料及动力照明费；折旧费，指车间房屋、机器、设备等固定资产计提的折旧费；修理费，指车间各类固定资产发生的修理费用；劳动保护费，指辅助生产部门职工领用的劳保用品、清凉饮料、防暑防寒以及小型劳动安全保护措施等费用；其他费用，指不属于以上项目的其他车间经费支出。
对于辅助生产部门生产的产品或劳务直接耗用的人工、材料及其他直接费用可按产品或劳务类别和工号直接汇集，记入成本计算