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（四）以末归本唯识
第四重“以末归本唯识”，如《大方广佛华严经探玄记》卷十三云：
四、以末归本，故说唯识。谓七转识，皆是本识差别功能，无别体故。《楞伽》云：“藏识海常住，境界风所动，种种诸识浪，腾跃而转生。”又云：“譬如巨海浪，无有若干相，诸识心如是，实亦不可得。”解云：既离水无别有浪，明离本识无别六七。广如彼说。＇7＇
1、明此门唯识中的阿赖耶性格
首先需要说明的是，在此第四以末归本唯识中，阿赖耶的性格，已经与法相宗将阿赖耶识的性格定为妄识，已经有所不同。华严宗三祖法藏大师，在本门唯识中，已经将阿赖耶识与如来藏等同，从而使阿赖耶识具备了真妄和合的性格。这种区别与华严宗的思想源头地论宗南道系的唯识思想有着直接地关联，这些已经在上文有所论述。
在玄奘系的法相唯识中，八识心王，都是各各自体的，也就是说，玄奘系的唯识是唯八识，八识皆有实体。而在华严宗的唯识体系中，在此门唯识中，三祖法藏将三界唯心的一心，定为阿赖耶识，而此赖耶识即具备真妄和合，也就是真如与生灭和合的性格，所以此阿赖耶识与如来藏等同，而非法相宗所认为的阿赖耶识为纯粹的妄识。由此，则此第八阿赖耶识即为一心，为“本体”，而前七转识都没有依于此阿赖耶所生，无有别体。所以前七转识都可以皆归于第八阿赖耶识，亦即归于如来藏或者一心。
2、述义
在第三重“摄数归王唯识”中，八识俱存，各有业用。而此第四重“以末归本唯识”中，则对八识作出本末之分。前七识是末，第八识是本，末识都由本识的功能显现，没有自体，都可以归于本识之中。因为七转识都是第八本识差别功能，离开第八本识之外，无有别体，如同离水则不会有浪的存在的道理。因此在第四重唯识中则以本摄末，名为“以末归本唯识”。
（五）摄相归性唯识
第五，摄相归性唯识，如《大方广佛华严经探玄记》卷十三中云：
五、摄相归性，故说唯识。谓此八识，皆无自体，唯是如来藏平等显现，余相皆尽。经云：一切众生即涅槃相，不复更灭等。《楞伽》云：不坏相有八，无相亦无相。如是等文成证非一。＇8＇
1、释“谓此八识，皆无自体”
此中意思是说，八识心王在第三重摄数归王唯识内，八识是并列存在的。而今此门摄相归性唯识，则是从八识本性而言，认为八识都是如来藏显现之理，所以八识并无实体。
2、释“如来藏平等显现”
如来藏即是真如妙体，如《大乘起信论义记》云：“自性清净心名如来藏。”＇9＇
平等显现，即是因果的差别与对立，不再随于差别与对立，一切平等平等，无不皆是如来藏平等显现。
3、释“余相皆尽”
余相皆尽，意思是说诸法本来自尽，不是因为断除而尽。真理从来都是显现无余的。
4、释“一切众生即涅槃相”
一切众生，因为不悟本觉，从而流转生死，处处受生，名为众生。其实众生之体，本来无有生死烦恼。那么如果众生烦恼本来自灭，则当相即性，如此则诸相自尽，不由缘灭。就此而说“一切众生即涅槃相。”
5、释《楞伽》经文
此文出自四卷《楞伽阿跋多罗宝经》卷一，原文如下：
譬如海水变，种种波浪转；七识亦如是，心俱和合生；谓彼藏识处，种种诸识转；谓以彼意识，思惟诸相义；不坏相有八，无相亦无相；譬如海波浪，是则无差别；诸识心如是，异亦不可得。＇10＇
引文中的意思是说，本识是唯一的，而七转是缘而生，以末归本则唯是一。然则本末不相坏，事相即有八识。无相亦无相的意思是说，八识究竟来说，无有八相，唯有一本识，而此一本识也缘生，缘生则无性，而唯是真如，而真如又无相，不住诸法，所以说“无相亦无相”。
6、述义
在第四重“以末归本唯识”中，因为本觉受无明熏动，而成真妄和合的阿赖耶相，在第四重唯识中，还存有阿赖耶相。而今此第五“摄相归性唯识”中，则是阐述，既然本觉是随无明而成阿赖耶，所以离开真如也就没有所谓的阿赖耶相。所以此门唯识中，就摄诸识相，而归本觉理，名为“摄相归性唯识”。
7、法相唯识与法性唯识之辨
大乘始教唯识，也即是法相唯识，是能证所证，始终差别，不能融会。而此终教（包括顿、圆）唯识，也即是法性宗唯识，则理智不二，而能所历然，无碍自在。由此可知始教唯识与终教唯识，即法相与法性二宗的不同。因此第八识体也有所差别：始教唯识，是以异熟赖耶为第八识体，终教等唯识，是以如来藏随缘受熏为第八识体。如《成唯识论》卷九释真如云：“真谓真实，显非虚妄，如谓如常，表无变易。”＇11＇，此即是法相宗所主张的真如凝然，不作诸法的意思。因为，如果真如作诸法，那都是无常变易。而真如是常住不变的，所以不作诸法。由真如不作诸法，无有变易的前提，所以法相宗中的种子六义，有刹那灭义，表明阿赖耶识是无常法，非真如义。能熏四义中，立有生灭义，也是表明阿赖耶识为无常法，没有清净义。所熏四义中，立无记性，也就表明真如本觉善法，非为所熏的道理。总之，法相宗立真如常住不变义，从而主张不许真如受熏，以及不许真如随缘转变作成一切有为诸法的思想学说。
然而，在终教等法性宗中，也建立有种子六义，以及能熏、所熏等种种与始教法相宗相同与相似的说法。在法性宗中，也有法相转变缘起之相。但在终教等法性宗中，必然有两重缘起：第一重是真如受熏而随缘作有为法，此为真如缘起；第二重是有为缘起，此是有为缘起义，亦即生灭缘起，与法相宗的阿赖耶识缘起，也就生灭缘起层面的意义相同。虽用有为缘起之义，但同时与无为缘起和合而成，此为法性宗缘起之义。
另外，有关法性与法相二宗，有关于唯识的不同与会释，华严宗四祖澄观大师，在其《大方广佛华严经疏》中，也有所阐述，如《大方广佛华严经疏》卷十四云：
问：若尔《瑜伽》等中，异熟赖耶，从业惑种，办体而生，非如来藏。随缘所成，如何会释？答：《瑜伽》等中，对于凡小，约就权教，随相假说。《楞伽》《密严》对大菩萨，依于实教，尽理而说。既机有大小，法有浅深。教有权实，故不相违。故《密严》云：‘佛说如来藏，以为阿赖耶，恶慧不能知，藏即赖耶识。’此明守权拒实，诃为恶慧。又彼经云—：‘如来清净藏，世间阿赖耶，如金与指环，展转无差别。’《楞伽》中：‘真识现识，如泥团与微尘，非异非不异。金庄严具，亦复如是。’皆此义也。又彼经云：‘如来藏为无始恶习所熏，名为藏识。’又《入楞伽》云：‘如来藏名阿赖耶识，而与无明七识共俱。’又《起信论》云：‘不生不灭与生灭和合，非一非异，名阿赖耶识。’又如《达磨经》颂云：‘无始时来界，为诸法等依。’《摄论》等就初教释云：‘界者因义，即种子识。’《宝性论》翻此颂云：‘此性无始时等。彼论就实教释云：性者，谓如来藏性，如圣者胜鬘经说，依如来藏故，有生死。依如来藏故，有涅槃。’以此等文，故知两宗不同，浅深可见。又唯识等，亦说真如，是识实性。但后释者，定言不变，失于随缘，过归后辈耳。＇12＇
如引文中所说，澄观大师认为，法相宗之所以认为异熟阿赖耶是妄体，不是如来藏，是因为法相宗的说法的对象、权巧与机宜与法性宗不同。法相宗的说法对象是凡夫、小乘，是诸佛随巧方便假说。而法性宗则是对大菩萨说的实教。然后列举了《楞伽》、《密严》、《起论》等经论证明，阿赖耶识如果就终顿圆等法性宗来说就是如来藏。总的来说，澄观大师法相与法相二宗的判别与阐释，还是用判教的方法来说明的。
（六）转真成事唯识
第六，转真成事唯识。如《大方广佛华严经探玄记》卷十三云：
六、转真咸事，故说唯识。谓如来藏，不守自性，随缘显现，八识王数，相见，种现。故《楞伽》云：如来藏为无始恶习所熏习故，名为识藏。《密严经》云：佛说如来藏，以为阿赖耶；恶慧不能知，藏即赖耶识。又云：如来清净藏，世间阿赖耶；如金作指环，展转无差别。又《胜鬘经》、《宝性论》、《起信论》皆说此义，成证非一。＇13＇
1、释“不守自性”
“不守自性”，是说明如来藏转真成事的原理。诸法真理，名为自性。若守自性，则不应随缘；若不随缘，则又不成诸法。既然不守自性，所以能成诸法。当知此处的自性与法相唯识宗所立，毕竟不变诸法真如名为自性不同。
2、释“随缘显现”
“随缘显现”，是说明真如随缘成诸法的相状。那么真如是随什么缘，又显现什么样的法呢？
诸法生起因缘有三种：一从真起妄因缘，二返本还源因缘，三无方大用因缘。
第一从真起妄因缘，即是本觉真如，无明为缘，随彼转变。无明不离真，因为迷真，所以妄生。一切众生，自性清净，本觉真如，即是佛性。性自具足，周遍无碍。然此本觉，因为根本无明所动，从而转变流浪，作成诸法。
第二返本还源因缘，本觉内熏，生始觉心。知识外缘，开导厌求，发心习行，渐除妄相。从真起妄，名为染缘起。返流归源，名为净缘起。
第三无方大用因缘，即是佛果成满，自证圆足，断证穷尽，由是法身自受用身，而为众生变现他受用及变化身。
总之，诸缘起法不过染净，染净二缘，起法之相，都是真如不守自性，随缘显现真性功能作用而已。
3、释“八识王数，相见，种现”
“八识王数，相见种现”，这是列举如来藏，随缘所现的体有四种：一是本识阿赖耶，二是八识心王，三是诸心心所，四是相、见等四分。“种现”即是此四种都是从种子生现行。也即是如来藏随缘受熏而作诸法。
4、述义
在第五重摄相归性唯识，是揽事成理。而此第六转真成事唯识，是揽理成事。此第六门开始转真如成有为事，全理为事。理外无事，理即为事。那是因为如来藏，不守自性，随着染缘或者净缘，作种种法。如果随流门，则真随妄；若还源门，则真随净。若约本觉无作大用，则普现色身，为全性之海。此中真如随缘作一切相，所以名为转真成事唯识。
（七）理事俱融唯识
第七，理事俱融唯识，如《大方广佛华严经探玄记》卷十三云：
七、理事俱融，故说唯识。谓如来藏，举体随缘，成辨诸事。而其自性，本不生灭，即此理事混融无碍，是故一心、二谛皆无障碍。《起信论》云：“依一心法，有二种门：一心真如门；二心生灭门。然此二门，皆各总摄一切法。”《胜鬘经》云：“自性清净心，不染而染，难可了知；染而不染，亦难可了知。”解云：不染而染，明性净随染，举体成俗，即生灭门也；染而不染门，即染常净，本来真谛，即真如门也。此明即净之染，不碍真而恒俗；即染之净，不破俗而恒真。是故不碍一心，双存二谛。此中有味，深思当见。经云：“于谛常自二，于解常自一。”论云：“智障极盲闇，谓真俗别执。”皆此义也。＇14＇
1、释“如来藏，举体随缘，成辨诸事”
此处意思，相当于前一门，即第六门转真成事唯识。即从理出事，如来藏随缘作诸法。
2、释“而其自性，本不生灭”
此相当于第五门摄相归性唯识，即是从事入理，本无有生灭。
3、释“即此理事混融无碍”
此处意思是说，在此第七理事俱融唯识中，是融合第五摄相归性唯识与第六转真成事唯识，而成性相俱融，理事混融无碍。
4、是故一心、二谛皆无障碍
二谛即是真谛与俗谛。真谛入如，俗谛出事。融通真俗二谛，而为一心，所以一心即有二谛。一心即是如来藏，真谛即是真如门，俗谛即是生灭门，真如与生灭混融无碍，即是一心、二谛皆无障碍。
5、述义
前一门第六转真成事唯识，是依理成事。而此第七理事俱融唯识，是以理事无碍，事与理融会，来讨论唯识，所以称为理事俱融唯识。也即是说如来藏识（理）随缘而成各种现象（事），而其本性不生不灭，理事混融无碍。这即是在《大乘起信