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中医学还有一个特点令西方科学不满意，那就是它的经验性，或者说它的主观性。中医的医就是“意”，这个意有很强烈的主观意志性。比如，像把脉这种事，那就全凭经验，同样的浮脉或洪脉，它主什么病，虽然有一些医书的根据，但更多的却是凭经验，凭感觉，这里面玄妙得很，只可心领神会，却不可言传语达。这与西方实证性的规则是不相符的。
更成问题的是关于中医的来源问题。西医学的源头有一条十分清晰的脉络可寻找，它是来源于生理解剖学。而中医的来源却没有人能够说清楚，有人说，中医是中华民族几千年在劳动过程中积累而成的。比如说，有一个人上山割破了手，他偶尔抓起一把草按上去，鲜血马上不流了，所以知道此草有止血的功能等等。但这个解释很难令人信服，最主要的是它没有实证性，因此当然很难被西方现代科学接受。
西方现代科学不承认中医学那该怎么办呢？中国人采取了两种方法。第一种是把中医的理论猛劲往西医上靠，你不是不理解什么是经络吗？那好办，我把经络说成是血液循环系统或神经系统不就行了吗？第二种是把中药还原成化学成分，你不是不懂中医的汤剂吗？那也好办，我把汤剂还原成你知道的普通化学分子式。许多人给这种方法起了一个好听的名字叫“中西医结合”，实际上，这样结合出来的东西很可能是非驴非马的怪物。
比如说，近几十年我们发明了中医化学，即用化学检测的方法来研究中药成分。也就是说，把中医最终还原为西医学，将草木、动物、植物、矿物质等中药最终以化学分子式来体现。这种方法合适吗？化学的配方可以完全还原中成药的疗效吗？如果能，那也就无所谓中医和西医了。中国人用这种方法试图弥补中药药理的想法很可能是大错而特错，这对中药根本于事无补，甚至我们是在出卖自己的医学。
举个简单的例子，中医有一剂“当归补血汤”，用黄芪和当归组方，它是根据中医“有形之血不能速生”，而“生于无形之气”的原理，实际上并不是补血而是补气。如果要用化学检测的方法来说明药理，那么你就必须解释什么是“气”，这个“气”相对应的是西医中的哪个东西，这个“气”与血又有什么重要的关系，黄芪中哪一种化学成分与“气”的哪一个部分发生作用。如果解释不了“气”，那么即使把当归和黄芪的化学成分分析得再清楚，同样无法说明中药的药理。
大家知道，中医的单方并不多，在实际中使用的大多是复方，《黄帝内经》载方13，《伤寒论》载方113，《本草纲目》载方11000，绝大多数都是复方。中药的复方是按君、臣、佐、使配伍而成。复方的配合，治病只是一个目的，更重要的是调节阴阳平衡，扶持正气。那么何为阴阳平衡？何为正气、邪气、清气、浊气、病气？在西医贫乏的词汇中根本找不到对应的语词。那么用化学检测的方法来分析复方，你最终想说明什么？再说，每一种中药中都有几十种，甚至百种化学成分，比如山植的化学成分就有七十余种，这样算下来，一副汤剂就很可能有上百种。上千种化学成分，这些成分又是如何体现君、臣、佐、使原则的？化学检测的方法可以回答得了吗？
中医十分讲究人与自然的关系，气候、时令、地理等因素直接体现在中药里，比如说，按照中医的观点，立秋前后许多药物性质是完全不同，早一天采摘和迟一天采摘区别很大，那么这种差别能体现在中药化学检测中吗？一种草药在立秋前和立秋后它的化学成分可能发生变化吗？同时，中医用药的时令性也很强，同样一种病秋季的用药与初春的用药在原则上就有很大的差别，而这种差别是西医所没有的，同样一种化学药品使用时一般也不分时令、季节、地理环境。
事实上，用化学检测的方法来分析中药药理的做法已经证明是行不通的，它或许可以在几剂中医复方中有用，但却不能概括整个中医药。
比如说，中医的用药大部分是口服，也有一些外用的，但却从来没有静脉注射的，打针这玩艺是西方人发明的。现在发现，将中医提取出的化学成分改为西医静脉注射法，几乎没有什么作用，这说明什么呢？它说明将中药用现代化学的方法处理是没有效果的。
再者，现代西方医学的化学分析法并不是万能的，尤其对于中药而言更是如此。有的中药对动物没有丝毫疗效，但对人却有疗效；有的则是对人无效，而对动物有效。这样一来，研究西医常用的动物试验法就失去了作用，基本堵死了用化学分析的方法来研究中医药的路子。
还有一点，根据西医的观点，只有那些有生物活性指标的化学成分才有治疗的功能，才能被分析研究。可实际上，许多的中药并没有生物活性指标，但它们恰恰可以治病，这与西医的理论是背道而驰的。
由此可见，用西医的理论和方法来研究、说明中医药，基本上属于瞎胡闹。许多人都因为中医学没有现代科学原则作支撑，所以心里发慌，在骨子里是自己瞧不起自己，于是，厚着脸皮硬往西医上靠，认为只有这样中医才能成为科学。这是多么可悲的想法！中医存在的价值根本用不着西医来承认，西医没有这个资格，早在现代科学产生的几千年前，中医就是一个完整的医疗体系，在人类医学史上更有发言权的不是西医而是中医。
从中医学的理论中我们可以看出，中医与西医学走的是两条路，如果硬要区分出谁高谁低的话，我们可以毫不脸红地说：中医学在整体上要高出西医学一大截！为什么这样说呢？因为古老的中医里有许多是西医或现代科学根本解释不了的东西，更气人的是，不论你解释得了还是解释不了，中医一直在有效地使用着，你说到底是谁先进谁落后呢？
比如说经络学吧。经络在中医学中占有重要的地位，如果换一个角度看，中医是建立在经络学基础之上的，《黄帝内经》说经络：“行血气，营阴阳，决生死，处百病”。那么什么是经络呢？它又是怎么来的呢？曾经有人说，经络是血液循环系统，也有人曾说经络是神经系统，都是用西医理论会中医，根本就说不通。经络既不是血液循环系统，也不是神经系统，经络就是经络，目前它对全人类来说也是一个迷，因为经络在现代解剖学上是看不见的。
有报道说，中国医学家祝总骧通过多年研究发现，经络是不依赖中枢神经和血液循环的隐性循经感传线，是条低阻抗、高电位、高发光的线，是由一些看得见的微小结晶颗粒组成的带状物，它在人体上宽约一毫米。几年前，法国学者通过在穴位注射放射性物质锝，利用锝的R射线可以使底片曝光的原理，借助电子照相机，成功地拍下了锝的行走路线，发现得的行走路线与中医的经络基本相同，同时证明穴位是经络上的某些点。接着，日本的一些科学家采用电子计算机和全息技术，将人体由平面转为立体观察，通过荧光染色发现，穴位实际上是某些组织的“集合物”，它具有高度的灵敏性。由以上这些研究可以看出，我们借助先进的科学技术，仅仅证明了几千年前的一个命题是正确的，但又不知其所以然，人类绕了一个6000年的大圈子又回到了原来的出发点，真是太有意思了，
既然经络是已经被证明存在的，那么它们究竟有什么作用呢？这就涉及到中医的主要对象是什么。我们可以提出这样一个印象，中医的全部理论并不针对肉体的疾病，而是针对一种看不见、摸不着的东西，那东西被称为“气”。“气”的理论是中医学的最高范畴，《素问·五常政大论》说：“气始而生化，气散而有形，气布而蕃育，气终而象变，其一致也。”中医用来解释人体生命的一条主线就是“气”。
气是生命的本源，《素问·宝命全形论》说：“天覆地载，万物悉备，莫贵于人，人以天地之气生，四时之法成。”
阴阳五行是气的运动形式，《素问·阴阳应象大论》说：“阳化气，阴成形。形气交感而化生万物。”《生气通气论》说：“生之本，本于阴阳，其生五，其气三。”五运六气是天地的气化，金、木、水、火、土为五运，风、热、暑、湿、燥、寒为六气，它强调“天人感应”的思想。
藏象是人体的气化，《阴阳应象大论》说：“人有五脏化为五气，以生喜、怒、悲、忧、恐。”《六节藏象论》说：“以其气命其五脏。”
病因病机在于气化失常，《素问·举通论》说：“百病生于气，怒则气上，喜则气缓，悲则气消，恐则气下，惊则气乱，思则气结。”《阴阳应象大论》说：“阴盛则阳病，阳盛则阴病。”也就是说，气无时无刻不在身体内流转，所谓的病就是气在流转过程中受到了阻碍。
诊断必须全面诊察精神气血，人体病变，可由外在各种表现诊察得知，因为机体气化是“内外相袭”的，“视其外应，以知其内藏，则知所病矣。”《灵枢·本藏篇》。
治疗在于调理气机，《素问·至真要大论》说：“调气之方，必别阴阳，定其中外，各守其乡。”《灵枢·本神篇》说：“必审五藏之病形，以知其气之虚实，谨而调之。”
那么中医里的“气”又是什么呢？这可是个难以回答的问题。首先，气绝对不是指人们的身体，《内经》中曾明确地说，“气先身生”，虽然在表述上它有些唯心论的嫌疑，但它却说明气与身体不是一回事。其次，气也不是指人的思、虑、忧、喜。悲、恐、惧等显意识状态，因为任何显意识状态都有对应的刺激物，也有负载它的可见身体器官，比如说，当身体受到伤害时，人会产生痛苦的感觉，伤害是外在的刺激，神经系统是痛苦感觉的载体。此外，人的显意识有很大一部分属于文化类型，像恐惧、爱好等等。
气在中医里是精、气、神的总称，在藏象学中又化为神。魂、魄、意、志五种形式，由此可见，中医里的气乃是指精神，是一种脱离肉体的纯精神，而不是我们今天所说的知识文化、个人修养等，说白了它就是宗教中所说的灵魂，它是潜藏在我们身体之内的另外一种生命。
中医的“气”是灵魂的推测，也可以从“气”字的甲骨文中得到证实。气在甲骨文中写作“”，于省吾先生认为，这就是中国八卦中乾卦的符号，即三个阳交。乾为天、为大、为生，故甲骨文的气字可以直接理解为生命或生命之本。实际上，甲骨文中的气字还可以理解为数字三，《老子》曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物。”从这个角度去理解，“气”字同样可以理解为万物生命之源。那么，这些气是从哪里来的呢？甲骨文“气”这个本字的构成也同样告诉了我们一个明确的答案，“气”是别人给的，《说文》释“气”云：“气，馈客刍米也。从米，气声。氧即馈也，给也。”这个解释与上古造人神话在解释灵魂的来源时是一致的。值得说明的是，在中国的造人神话中没有神“给气”这个细节，而《说文》中的这个解释恰恰弥补了神话的缺陷。从这一点，我们再一次震惊于世界神话的一致性，再一次感到远古文明是一个完整体系的文明，里面蕴藏着巨大的生命力。
因此，中医并不针对肉体的疾病，而是针对精神的健康，它认为，只要精神体健康了（气在体内流转无阻碍），肉体就必然健康，为此中医最讲究养气、调气、理气。从这点上讲，中医是“中介医学”，它是站在物质肉体与精神生命之间的一种医学体系，作用在于协调双方的平衡。
中医的存在恰好可以证明我们的假设：在人类的身体内部确实有一个独立的生命体存在，这个生命体我们可以将它称之为精神生命体。它不以有形的方式存在，而将自己的生命化为无形之中。如果说肉体是我们生命存在的证据，那么，经络就是精神生命存在的证据。中医从根本原则上是站在精神生命体与肉体之间的一种医学体系，它调节着肉体与精神的相互平衡，而最终它关注的并不是我们的肉体，而是为精神生命服务的。
我们推测，中医的基本原则可能是这样的：精神生命与肉体生命