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中枢监察系统中，另设六科给事中。吏、户、礼、兵、刑、工六科，各设都给事中一人，正七品。左右给事中各一人，从七品。给事中若干人，各科不等。其职权是“掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽查六部百司之事。”都察院是朝廷监察机关，给事中则是皇帝的近侍之臣，是皇帝控制六部行政的耳目。给事中有封驳权，可以封还执奏，驳正章奏违误，规谏君主，参予朝中大事的会议。都察院的御史，习惯上称“道”，六科给事中称“科”，统称“科道官”或“言官”。
通政使司——早在一三七○年，就曾设“察言司”
收受各方章奏。一三七七年正式设置通政使司，职责是接受并汇呈内外官吏的章奏，凡民间的陈情建议、申诉冤枉、举报官吏不法等文书，也登记并汇呈给皇帝。设通政使一人，正三品，左右通政各一人，正四品。通政使也和六科都给事中一样，被允许参与朝廷大事的会议。
大理寺——明太祖建号吴王时，即设有大理寺，其后因革不常。一三八一年正式设置。大理寺卿，正五品。原来只是对司法行政、财政收支等案件，进行监察。后来凡刑部、都察院和五军都督府的断事官所审理的案件，都要送大理寺甄审。凡不按律例或案情有出入的判决，有权驳回改拟。大理寺与刑部、都察院被称为“三法司”，凡重大案件要经过“三法司”的“会审”。司法机关、行政监察机关和司法监察机关相互配合，彼此制约，是明初重要的法制成果。
翰林院——明太祖建国前即因元制置翰林院，设学士及侍讲等官。学士为正三品，名儒宋濂即曾任翰林学士，一时名士多在翰林院供职。一三八一年以后，翰林学上降为五品，但职掌制诰、史册、文翰之事，代皇帝草拟文告，兼充皇帝在文史方面的顾问，资深的学士有时也为皇帝或皇子讲述儒经，参议致治之道。翰林院学士以下的侍讲、侍读、编修、检讨等官员，往往也是皇帝的参谋。翰林院学士被允许参加商议大政事、大典礼的诸臣会议，与诸司参决其可否。（《明史》卷七三）
五军都督府——大都督府改为中、左、右、前、后五军都督府，每府有左、右都督各一人，正一品。都督同知各二人，从一品。都督佥事各二人，正二品。其长官多以公侯伯爵的武臣充任，品级高于六部。五军都督府除分领在京卫所外，还分领设在全国的十三个都司。五军府各有所辖军区，相互平行，以达到“使事不留滞，权不专擅”的目的。（傅维鳞《明书》卷六六）
五军都督府与兵部各有职掌，相互制约，大体上兵部掌管军事行政事务，五军府掌管统兵作战。兵部受皇帝之命，发令调兵，但统兵权在五军府，统兵将官由皇帝亲自指派。军官的任免、赏罚由五军府与兵部会同办理。五军府的将官平时并不统军，遇有战事，兵部发出调兵令，五军府派出指挥官，统率京营兵或各地卫所兵作战。战事结束，军兵回归原地，统兵官归五军府。
三、地方官制
明初地方官制沿袭元朝行中书省制度，但撤消“路”一级建制，改路为府。如改龙兴路为洪都府，绍兴路为绍兴府，平江路为苏州府，汴梁路为开封府，大都路为北平府，奉元路为西安府等等。地方建制只存府（州）县两级。
一三七六年撤消行中书省后，继续沿用“行省”这一名称，作为地方区划，而不是地方政府。省的行政权分属于承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，合称“三司”。三司分别隶属于朝廷。
承宣布政使司——设左右布政使各一人，初为正二品，一三八○年定为正三品。全国先后设十三布政使司：浙江、江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西、贵州。布政使掌一省之政，传布朝廷政令，考察本省官吏。管理户口、田土及科举贡士行政。对省内宗室、官吏、学校师生、驻军，班发禄俸、廪粮。呈报自然灾害情况并实行赈济。均衡全省赋役额度，规定征收标准。地方的重大行政事宜或有所兴革，要会同都指挥使司、按察使司商定。布政使司通称“藩司”。
提刑按察使司——设按察使一人，正三品，副使一人，正四品。按察使掌一省刑名按劾之事。纠劾官吏，抑制豪强，平反冤狱，澄清吏治。副使与佥事等官分道巡察，负责管理兵备、提学、抚民、巡海、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军等监察行政事宜，按察使司通称“臬司”。
都指挥使司——设都指挥使一人，正二品。都指挥同知二人，从二品。都指挥企事四人，正三品。都司掌一方之军政，各率其卫所隶于五府，听于兵部。责任是管理一个军事区的武官考选，地方卫所兵训练，卫所屯田，地方巡警，军器保管、漕运，京操以及地方防务。明初曾于各行省置行都督府及都卫指挥使司。一三七五年改各都卫为都指挥使司。废行中书省后，也废止行都督府，职权转入都指挥使司，成为与布、按二司平行的地方军事行政机构。地方的卫所隶属各地都司，都司又分隶中央的五军都督府。都指挥使司常简称为“都司”。
“三司”制确立后，布政使司掌全省的行政、民政、财政；按察使司掌全省的司法监察；都指挥使司掌全军区的军事行政和治安。政、法、军三权并立，彻底改变了行中书省总理地方大权的旧制。布、按、都三司分别直接受命于朝廷，朝廷对地方的控制大为加强了。
省以下地方机构，基本上是府、县两级。直隶州与府平行，一般的州与县平行。市、按二司派遣副职到各地区，称为分守道、分巡道等等。道隶于省，但并不是一级地方政权。
府设知府一人，正四品，同知正五品，通判，无定员，正六品，推官一人，正七品，府下设有经历司、照磨所和司狱司。又设立吏、户、礼、兵、刑、工六房，处理政务。知府掌一府之政，行政上受布政使的领导。职权范围包括一府各县的教育、科举、户籍田簿、军匠、驿传、马政、治安、仓库管理、河渠水利、道路修治等事宜的决策和处理。府的推官主持司法工作。全国共设一百五十九府。
州分两种，一为府所属的州，与县平级，一为省直属的州，称为直隶州，与府平级。州设知州一人，从五品，同知、判官无定员。直隶州的知州职掌与知府同，属州的知州与知县同。全国共有二百三十四州。
县，设知县一人，正七品，县丞一人，正八品，主簿一人，正九品。属员有典史一人。知县掌一县赋役之政，凡养老、祀神、贡士、读法（向群众宣讲法律）、表善良、恤穷乏、稽保甲、严缉捕、听狱讼，都要亲自处理。（《明史》卷七五）县丞、主簿分掌粮、马、巡捕之事。典史办理文书出纳，亦设有六房，分管日常事务。
在府、县两级地方政权中，还设有一些专业的管理机构。府、县境内的关津要害设巡检司，巡检、副巡检率领弓兵（按徭役征集民兵的一种）负责警备。有的州县设有驿丞，负责管理驿站的舟车、夫马供应。府设有税课司，县设有税课局，设大使，负责征收商税、市税及民间的契税。另有河泊所掌收鱼税。有些地方设批验所，负责查验盐、茶引。府设僧纲、道纪两司，县设僧会、道会两司，管理佛教、道教徒众。
四、法律
明太祖称吴王时，即命丞相李善长为制定律令总裁官，参知政事杨宪、御史中丞刘基、翰林学士陶安等文臣参与编定律令。制令一百四十五条，后称《大明令》，“律”二百八十五条，后称《明律》。“令”以记载诸司制度为主，“律”是根据唐律损益调整。一三七四年加以修订，去掉原来临时性的条文，增加新的条款。一三八九年又本着“因时以定制，缘情以制刑”的原则，从法律的系统与体制方面，作更多的修订，使之趋于完备。一三九七年最后修订完成《大明律》，颁行全国。
《大明律》的体例以吏、户、礼、兵、刑、工六部分类
以适应当时的以六部为中心的政权体制。条文共四百六十条。内容继承唐律，参据元律，而有所添加，如军官、军人犯罪免徒流，杀军人者以余丁抵充以及大臣不得专擅选官，军民不许上言大臣德政，官吏不许交结近侍官员，功臣不得私置田土等限制官员的律文。户律中增入有关征收课程、钱债、市廛等条款，兵律中规定军
民不得违禁下海等等此外，如豪民隐蔽差役、揽纳税粮、典雇妻女、逐婿嫁女、取乐人为妻妾、僧道娶妻、禁巫师邪术等等有关条款，则是继承元律的条文。
《大明律》的制定，反映出加强皇权统治的特征，如对“十恶”罪的处置较前朝更为加重，贵族犯罪的“八议”制要由皇帝亲自决断，对大臣的政治权益也做了多方面的限制，加强了钳制。大明律颁布后，明太祖明确规定，后世君臣不得更改修定，因而明代二百六十多年间，《大明律》的条文，不再有变动。（《明太祖实录》卷八二）。
《大明律》之外，明太祖又以皇帝的名义，先后颁行了《大诰》四编，目的是“取当世事之善可为法，恶可为戒者，著为条目，大诰天下。”（《明太祖实录》卷一七九）。《大诰》一编颁行于一三八五年共七十四条，次年续编共八十七条，三编共四十三条。一三八七年又颁 《大诰武臣》共三十一条。《大诰》的内容是选编刑事犯罪案例，由皇帝亲写按语和判决处理，作为一种范例，具有法律效能。《大诰》选编的案例多属于惩治地方胥吏和豪强，对于揽纳户、诡寄田粮者、倚法为奸者，官吏长解卖囚者都加以重罪，对“寰中士夫不为君用”的不合作者，也处以极刑并抄没家产。《大诰》中的“例”实际成为律外之法。因《大明律》不准改动，此后历朝不断增加新“例”。以例为名，以至律外附例的数量超过了律文，成为明朝法律的特点。
五、军制
明太祖在起义过程中，依元制建立统军元帅府，后改大都督府。军兵的建制也参据元朝旧制，分为万户、千户、百户。尔后兼并诸军，称号混杂。一三六四年始建营伍法。下令说：“诸将有称枢密、平章、元帅、总管、万户者，名不称实，甚无谓。其核诸将所部，有兵五千者为指挥，满千者为千户，百人为百户，五十人为总旗，十人为小旗。”（《明太祖实录》卷十四）一三七四年左右，立卫所制，设置内外卫所。一卫统五千户，一千户统十百户，百户领总旗二，总旗领小旗五，小旗领军十。在千户之上原有领五千人的指挥，现定五千六百人为一卫，长官为指挥使。改为五千六百人，是因为各级都增加了军官人数。正规的卫所制是：卫（五千六百人）由五个千户所组成（每个千户所为一千一百二十人），千户所下分为十个百户所（每个百户所为一百一十二人），百户所下辖两个总旗，每个总旗下辖五个小旗，每个小旗有十名军士。元代于民户之外，另立军户。卫所军兵也单独立“军籍”，家属为军户。在卫的军士为正军，于弟称为余丁或军余，正军出缺，由军户子弟补充，是世袭兵制，也是职业兵制。军队的武器装备、军装及军粮由官府供给，军户家小的生活则靠军士屯田生产来维持，按月发米，称为月粮。明初规定，每个军士授田五十亩为一份，官给耕牛农具，实行屯田。边地守军十分之三守城，七分屯种，内地二分守城，八分屯种。卫所军是一种常备军，明太祖曾说“攘外者所以安内，练兵者所以卫民。凡中国之民安于畎亩衣食，而无外侮之忧者，有兵以为之卫也”。（《明太祖实录》卷八五）据一三九二年统计，全国共有卫所军一百二十万人，（《明太祖实录》卷二二三 ）如据次年所建都司、卫所应有军士数推算，应有一百八十余万人。
卫所军制是在改革元朝旧制的基础上建立的新的军事制度。它适应防御北边稳定秩序的需要，对巩固明朝的统治，起着重要的作用。
六、学校与科举
明太祖在建国前即设立国子学，作为培养人才之所。明朝建立后仍依元制在京师设国子监作为高等学府，设祭酒、司业及监丞、博士、助教、学正、学录、典籍、掌馔、典簿等官。祭酒、司业、监丞主持国子监事。博士、助教司教育，其余为管理教务、庶务的官员。学生来源有贵族、官员子弟及各地送考的优秀学生，还有少数的来自琉球、日本、暹罗等国�