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朱克曼的立场在那些毫无私见的旁观者看来是合理的，但是文化和经济方面的社会因素会影响这种研究。人从猿猴进化而来不仅是一套科学假设，也是一套与神造人的神学思想抗衡的世俗理论，对人类文化影响深远。传扬这套理论不单需要博物馆展览、图片说明，和电视上重演历史的节目，还需要一群〃祭司阶级〃的研究员、教师和艺术家，将这理论以多媒介的方式传授给大众。既然民众和这些专业人士都期望找到支持他们的理论的证据，这些〃证据〃就一定出现。但是只有从一个不先入为主立场来衡量这些证据的人，才可以公正地批判这些证据是否有效。
基于上述的理论，我不接受所谓〃猿人〃的化石是达尔文进化论客观的证据，但是我对这些化石的疑问，不是对古尔德的见解最大的挑战，不少有名望的专家也在怀疑南方粗猿与南方小猿实在是同种的异态，还有人否定南方巧猿为一种不同的猿人化石。当今最热门的理论是按照在第七章所讨论的〃蛋白质进化时钟〃的立场，根据母系线粒体的遗传（mitochondrial
Eve），推论现代人是20万年前发源于非洲的一位〃夏娃〃。如果这个理论成立，那么在非洲以外的直立人化石，都要被排拒在人类渊源之外，因为它们都有早于20万年的历史。
就算我们接受南方古猿曾在地上存活，能比现代猿猴更能直立行走，也接受像直立人一样能直立行走，但脑容量比现代人稍小的过渡猿人，那么人与猿之间有可能存在中间化石，但却不像多布赞斯基或其他新达尔文主义者所说的渐进演变。我们需要如斯蒂芬·斯坦利一样构想〃快速的分化〃，企图解释人与猿猴之间神奇的进化，使动物的身体迅速地配上思想和灵性。在没有证实这种变化的确据以前，我们有理由否定这些所谓猿人化石（就算人类学家的发现是可靠的），而考虑人类来源有其他可能性。
这些猿人化石，像上文提到的哺乳动物与爬虫的过渡化石一样，根据进化祖先的假设，充其量可以当作可能的〃遗失之环〃。但在达尔文主义面世之后的130年，这实在是一个重要的反面证据。而且大部分所谓支持进化论的证据，都是出自主观立场极强的人类学，这也是值得我们注意的地方。
当我们客观地衡量化石证据的时候，发现有使进化论学者失望的地方。但是达尔文主义者在古生物学上的研究，已不再是客观的衡量；他们迫切地寻求支持进化论的证据，而忽视证据背后的难题。这种态度，可从最新发现的一种像鲸鱼的化石百西路龙的经过可见一斑。
百西路龙（Basilosaurus）是一种在早期鲸鱼时代生存的巨型海怪。它原来被鉴定为爬虫（它的名字原意是巨型蜥蜴），但很快被重新认定为像鲸鱼一样的哺乳动物，最近在埃及出土的百西路龙化石有像退化器官一样的后肢。究竟这些后肢有何功用仍是一个谜，这种后肢很短小，实在不能助长游泳功能，也不能支持这巨型动物在陆上行走，发现这化石的古生物学家猜想，这种后肢可能是用来帮助交配的。
科学报刊上的报告认定百西路龙证明鲸鱼曾经用后肢行走，因此它们应从陆地上的哺乳动物进化而来，但没有任何特殊化的内脏，帮助它们在深水中潜游，在水中彼此传递信息，和防止初生鲸鱼吸吮母乳时吸进海水的器官。这些内脏的按部就班的进化，正如在第三章提及的翅膀和眼睛的进化一样，成为进化论的挑战。就算上述所提及的退化后肢也是一个难题。究竟达尔文主义者如何解释后肢从有用的地位退化而缩小到绝无仅有的大小？这变化究竟是在从啮齿类进化成为海怪的过程中哪一个阶段发生的？鲸鱼的前鳍是不是从该啮齿类的前肢进化而来？这些不能解答的问题对达尔文主义者都是不重要的，因他们都略而不提。
达尔文自己也承认化石证据对他不利，这立场至今仍未改变。所以达尔文主义者很自然地将注意力转移到新发现的分子生物证据，声称这才是达尔文主义的确证，让我们在下一章中探讨这个说法。
第七章 分子生物学的证据第七章 分子生物学的证据
在我们还没有尝试从分子生物学找证据之前，需要检讨一下我们已经知道什么，而需要知道的又是什么？
我们在第五章中已讨论过，若要将生物分门别类，我们需要寻找生物之间的相同构造，代表它们彼此的关系。在达尔文主义盛行前后，分类学家都同意这些关系不是虚构的，而是生物在自然界实实在在的特征。相信本体论的学者反对进化论，认为这些自然界的模型，可能是神的心中蓝图。达尔文主义者摒弃这种模式，接受共同上古祖先进化而来的过程。
化石中生命的历史是达尔文主义一个重要的试验，因为在自然界中一直找不到中间的生物，在现在的生物中，尤其是目、纲和门之上的类别，都是中断的；每种生物只属一个目、纲和门，并没有衔接的中间物。就算奇怪的肺鱼和鸭嘴兽也不例外：前者是鱼，后者是哺乳动物，在达尔文时代以前的分类学家，会以这些证据来反对生物进化论。
原则上达尔文主义者并不否认生物类别的中断性，但他们将这现象解释为中间生物在进化过程大量地被淘汰，因而绝种。有些进化论学者如理查·道金斯更对这些中断现象引以为荣，好像是达尔文主义的新发现一样：
当我们研究种以上的现代生物时（或在进化历史中某一阶段的生物），我们找不到某些粗陋的中间物。如果有动物像是一个中间物，进化论学者确信它们必属于两者中的一种，如哺乳纲与鸟纲的中间物应是哺乳动物或鸟。我们需要明白，所有哺乳动物如人类、鲸鱼、鸭嘴兽和其他品种，都与鱼类有同样的亲戚关系，因为所有的哺乳动物都是从鱼类经过同样一个共同祖先进化而来。
道金斯还说，谢天谢地，幸亏化石证据是不完全的。一个完全的化石证据也许会使分类学变为主观的东西，因为所有的生物都彼此衔接。其他一些达尔文主义者也有相同的见解，但是我们这些喜欢求证的人要问：究竟这论调能否被客观的实验和观察衡量？在第四章和第六章我们已指出达尔文主义者的难题，就是如何将他们所认为的生物进化的连续性，与化石中〃遗失之环〃的证据相协调，更要解释化石中一种普遍的现象化石的稳定（即长久没有重要的改变）。今日，正如达尔文在1859年出版的《物种起源》时一样，化石的证据仍需要进化论者的含糊态度来解释。
达尔文主义不仅认为祖先慢慢进化成后裔，而且也解释这些进化过程如何产生新的生物和复杂的生物构造。这套自然选择机制被称为达尔文主义最重要的理论，我们在第二和第三章已经分析过，自然选择的创造力并无充足的实验证据，但达尔文主义者却认为这是放诸四海而皆准的金科玉律。他们虽然口头上否认这立场，但他们一直都引用它支持生物种类的进化和稳定：若有新种产生，这要归功于自然选择的创造力，若古生物没有进化，也要归于选择作用的稳定力！若有些种类群体绝种，其他种类却能遗传下来，这要归功于生存的种类抗衡生物绝种势力的本能。
虽然达尔文主义者一直认为自然选择并非唯一的进化机制，但他们却含糊第对待其他机制的重要性。譬如他们并不否认生物〃巨变〃的可能性，但除了少数例外，却强调巨变不能产生新种或复杂的构造。对于〃有系统的巨变〃理论（即生物体内各构造能有系统地在一世代中全部改变成为新的个体），他们强调只能是遗传学上的〃神迹〃。有些〃中性〃的进化，或〃基因漂移〃现象，实在是极有可能发生的，但达尔文主义者认为这些因〃中性突变〃而来的异态，根据某些逻辑上的必需，一定要经过自然选择来淘汰选择。
上述立场是根据达尔文主义的立论顺序引申而来，要是自然选择是创造者，无论如何微小的突变都会影响生物的繁殖功能。譬如上文所引述道金斯所论及翅膀的进化，他认为最初差不多不能察觉的小突变一定使生物得到战胜环境的优势：可能是使生物在掉落时不会折断它的颈项。要是突变对生物的生存或繁殖没有多大影响，自然选择作用只能在翅膀已进化到一个相当地步，才可影响生物的运作。这种理论称为〃具体选择论〃，乃是强调自然选择作用因影响小突变在生物生存和繁殖上的趋势，引致复杂生物构造的进化。
自然选择直接影响环境中显示的生物〃表型〃【注一：表型（phenotype）是指生物的外貌，更确切地说，是指生物的遗传因子型与环境的相互作用所产生的特性，因子型是生物体内蕴藏的基因，决定生物的繁殖和生长方向。】。但是逻辑上的引申，需要同时影响生物的基因。知名的权威恩斯特·迈尔在1963年正当分子进化论萌芽之际曾作如下声明：〃在漫长的时间中任何基因的突变，不会不具有帮助生物生存或使之淘汰的特性。〃
上述检讨的目的，是指出在分子生物证据中，需要找到样本和新发现，才可证实达尔文主义的准确性；我们需要证实这些进化祖先和中间生物在过去的生物历史中生存，同时也要证明自然选择加上无目的的基因突变创造出的生物种。仅仅找到生物之间的关系是不够的，最要紧的是这些关系经过一种长期的自然作用，进化成为不同的种类，产生许多种类之间的生物，不需要依靠造物主超自然的力量。要是达尔文主义不采用这定义，我们根本没有任何科学上的根据，用以解释生物如何发展成为今日复杂多样的面貌。我们不能贸然把无知当成知识，只因它叫做进化论。
根据这些大前提的阐释，让我们看看实验的证据，是否证实自然选择的创造能力、进化祖先和中间生物的存在。
基于生物化学的发展，我们不仅能比较生物外貌的特征，也能分析它们体内的分子构造。在细胞中的巨分子包括蛋白质，是生化作用的媒介；核酸，主导蛋白质的合成。这两种巨分子的成分和构造的研究进步迅速，我们根据这些分析可以比较并衡量不同生物的蛋白质和核酸构造的异同。
每一个蛋白质巨分子是一长列的氨基酸，好像一句话中字词的排列一样。20个较简单的有机物氨基酸，能以不同的排列彼此结合成为蛋白质，一种如血红蛋白一样的蛋白质按照生物种类的差异有不同的构造，这些相异之处可按照氨基酸排列的比较来测量彼此之间的差别。譬如有100个氨基酸的蛋白质中有80个相同和20个相异的排列，生物化学家就认为这两种蛋白质的分歧率为20％。
生物化学家采用类似的技术来衡量脱氧核糖核酸和核糖核酸的碱基排列，因此他们可用这些巨分子的异同来鉴定生物之间的分歧率。究竟这种鉴定标准是否正确，还是人言人殊的问题。不同巨分子的比较带来不同的分歧率，往往巨分子的比较与其他生态（如化石）的比较不相协调，而且分子的异同与其他构造的异同不一定有连带关系，譬如所有的蛙类外形相仿，但他们的巨分子相异的程度，可与包括鲸鱼、蝙蝠、袋鼠等各异态的哺乳动物的差异相仿。
学者不仅不因这些难题而气馁，而且还声称分子分类学比其他生态分类学更客观。这些分子分类学的研究也带来不少哲学上的推论，其中关于〃人类的进化〃这一敏感问题最值得注意，因为根据分子分类学，人类和黑猩猩的关系比黑猩猩与其他灵长类动物的关系更密切。然而，人类虽在基因排列的顺序上与黑猩猩相仿，二者基因系统所包含的信息却有显著而重要的差异，但是某些达尔文主义者的著述中，这种矛盾之处却被忽略，在梅兰特·埃迪和唐纳德·约翰逊的《基因蓝图：解开进化之谜》（Blueprints：Solving
the Mystery of
Evolution）一书中，他们轻描淡写地说：〃虽然人类与黑猩猩和大猩猩外貌上完全不一样，但这些相异都是表面的，在那些重要的地方它们的基因三类动物有99％相同。〃而〃那些重要的地方〃只是他们哲学推论的产品。
因为达尔文主义者的基本假设是生物之间的关系代表同源进化的关系，他们认为分子结构的相似乃是证明〃进化的事实〃。他们也认为各分类