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十函，二百三十七部，《又续藏经》四十三函，一百八十九部（见1920年北京刻《嘉兴藏》目录），都是清初所刻而附于明版《嘉兴藏》的典籍。此外，如福州鼓山清初所刻的有《华严经》、《华严疏论纂要》、《憨山梦游集》等（《福州鼓山庋藏经目录》）。清代官版藏经之刊行，始于世宗时代。世宗雍正十一年（1733），特开藏经馆，延请博通教义的僧人于北京贤良寺校阅编稿。正式开刊始于雍正十三年（1735）二月，至乾隆三年（1738）十二月完成，前后历时四年，称为《龙藏》。内容系据明刻《北藏》本而增入经论义疏及禅宗语录等，凡七百二十四函，一千六百七十部，七千二百四十卷；嗣于乾隆中，撤去其中五种七十三卷。总理藏经事务者为和硕庄亲王允禄，参加监造、校阅人员共七十余人（《大清三藏圣教目录》）。版本形式为梵夹本，国内名山大刹多请置，并建藏经楼贮藏。全部经版，现保存于北京柏林寺。康熙二十二年（1683）命刊藏文藏经甘珠尔（乾隆初略有修补）。雍正二年（1724）又刊丹珠尔，即今之北京版《西藏大藏经》。乾隆中又刊《蒙文大藏经》。后又续成《满文藏经》。全藏共一百零八函，六百九十九部，二千四百六十六卷。经版于1900年毁于入侵中国的八国联军之手。
清代从道光以后，国势衰落，佛教也不振。佛徒多致力于经典的校刻与流通，有助于佛教的传播。先是郑学川（1826—1880）于同治五年（1866）在扬州成立江北刻经处，他自己即在这一年出家，法号妙空。以后他又创立苏州、常熟、杭州、如皋四个刻经处，前后十五年间，所刊佛经近三千卷。杨文会（1837—1911）字仁山，初时对郑学川在扬州的刻经事业，极力护持，并募财相助。后在南京自创金陵刻经处，从事校刊佛典。光绪四年（1878）他随曾纪泽到过英法，于伦敦认识日僧南条文雄（1849—1927），知道中国唐宋间散佚的佛典章疏，尚多保存于日本。归国以后，即托南条在日本搜购古逸经论撰述二百余种。前后刻成经典三千余卷，并图像多种。到了清末宣统元年（1909），金山宗仰（1865—1921）得罗迦陵之助，与黎端甫、汪德渊等在上海依日本弘教书院《缩刷大藏经》加以校印，全藏共四十函，一千九百十六部，八千四百十六卷，由频伽精舍刊行，号《频伽大藏经》。
清代佛教宗派，继承着明末的遗绪，仍以禅宗为最盛，净土次之，天台、华严，律宗、法相等又次之。
清初禅宗，有临济的天童、磬山二系和曹洞的寿昌、云门二系相对峙。天童密云一系，以汉月法藏（1537—1635）、费隐通容（1593—1661）、木陈道忞（1596—1674）、破山海明（1597—1665）四支为最蕃衍。法藏开法三峰（江苏常熟），门徒最盛，后继者有杭州灵隐具德弘礼（1600—1667）、苏州灵岩继起弘储等。弘礼门下，出有晦山戒显、硕揆原志等，各传禅道于吴楚。弘储历主浙江大刹，广受缁素皈依。他的门下金赋原直住南岳和德山（湖南常德），楚奕原豫住潭州云盖山，灵岩之道，遂大行于湖南。通容历主福严（浙江石门）、黄檗（福建福清）诸大刹，他的法系传入福建，门下出有隐元隆琦和亘信行弥。隐元（1592—1673）晚年应请东渡日本，成为日本黄檗宗的开祖。亘信（1603—1659）历主雪峰和南山，大扇宗风于闽南。其徒如幻超弘（1605—1678）住泉州小雪峰，被称为一方宗匠。道（忞）继密云主持天童，应召入京说法，受清世祖礼遇。海明门下出有丈雪通醉，其法系盛行于四川、贵州，至今传承不绝。磬山天隐门下一系，出有箬庵通问与玉林通琇等。通问开法杭州理安寺，后主镇江金山，成为清初以后禅宗最盛一系。通琇自武康报恩寺应请入京传戒后，名重朝野。晚年开法浙江西天目山，所居号禅源寺，一时称为法窟。
寿昌（在江西新城今黎川县）、云门（在浙江绍兴）二寺，在明末并称为曹洞中兴道场。入清以后，寿昌慧经的法嗣无异元来、永觉元贤、晦台元镜等，各振一方。元来住江西博山，其道大行。门下出宗宝道独、栖壑道丘、星朗道雄等，分传曹洞禅法于岭南和江北。道独门下出剩人函可（1611—1659）、与天然函昰（1608—1685）等。函可以弘法罹难，充配沈阳，开法于千山。天然为广东一大宗匠，明朝亡后，遗民士子多从他披剃。道丘（1586—1658）开山鼎湖，其法系在掺弘赞、迹删成鹫等，皆一时名德。道雄（1598—1673）住安徽庐江冶父寺，鼓扬洞上宗风，著有《教外直指》。元贤（1578—1657）重兴福州鼓山，法嗣为霖、道霈继之，讲学刻经，颇为曹洞生色。元镜弘禅于建阳东苑，门下出觉浪道盛，开法于南京天界寺，其法系颇为繁荣。
绍兴云门一系，自湛然圆澄以后，其势力颇足与临济的天童一系相颉颃。圆澄门下出石雨明方、三宜明盂、瑞白明雪，在清初均为有名宗匠。明方门下的远门净柱、位中净符，明盂门下的俍亭净挺、西遁净超，明雪门下的百愚净斯等，都是很有名的禅宿。
太平天国以后，金山、高旻、天童、天宁，号为禅宗四大丛林。道华清澄的法嗣月溪显谛与观心显慧（许樾身《观心大师塔铭》）先后重兴镇江金山。其后，大定密源（1824—190）、常静密传、性莲密法、隐儒密藏，相继整肃禅规，宗风大振。金山遂成为中国的禅宗首刹。扬州高旻寺，自清初天慧实彻（？—1735）经昭月了贞、宝林达珍至楚泉全振（1861—？），其禅规整肃，与金山齐名。常州天宁寺，清初原为律宗道场，自大晓实彻（1685—1757）改为禅宗，至冶开清镕（1850—1920）继主法席，宗风大盛。冶开与宜兴海会寺妙参清虚、南京香林寺济南清然、扬州高旻寺楚泉全振、苏州西园寺广慧圆德，同称为清末江南宗门五老。重兴宁波天童寺的寄禅以及湖南衡阳岐山仁瑞寺的恒志（1811—1875）、江苏句容赤山真如寺的法忍（1845—1905）都是清末著名的禅僧（寄禅：《恒志和尚道状》、《法忍禅师塔铭》）。
明代以来各派禅僧竞撰灯录、世谱。紫柏以《传灯》未续，为他出世一大负，因此能文缁素，都发愿有所著述。此种风气，在清代尤为流行。清代所撰的传灯僧史，有道忞《禅灯世谱》九卷，通容《五灯严统？范寰？通问《续灯存稿》十二卷，本晰《宗门宝积录》九十三卷，通醉《锦江禅灯》二十卷，如纯《黔商会灯录》八卷，性统《续灯正统》四十二卷，超永《五灯全书》一百二十卷，净符《祖灯大统》十八卷，弘储《南岳单传记》一卷，纪荫《宗统遍年》三十二卷，自新、性磊《南宋元明禅林僧宝传》十五卷，心圆、火莲居士《揞黑豆集》九卷，聂先居士《续指月录》二十卷，达珍《正源略集》十六卷等。
清初风气，凡是开堂说法宗师，寂后常由门人辑录其机缘法语付版。因之，当时续刻的《嘉兴藏》以语录为最多。临济宗如天童密云门下的通容、道忞等十二弟子；磬山天隐门下的通问、通忞；三峰汉月门下的灵岩弘储、灵隐弘礼及其弟子等；曹洞宗如博山一系的道独、函昰、函可、今无、今释、今辩等；鼓山一系的元贤、道霈；东苑元镜门下的道盛及其弟子等；云门圆澄一系的明盂、净柱、净挺、净斯、智操等，都有语录行世。
净土为清初以来佛教各宗的共同信仰。最致力弘扬者以行策、省庵、彻悟、瑞安、悟开、古昆、印光等为代表人物。行策（1628—1682）字截流，住常熟普仁院，创七日念佛法，著有《起一心精进念佛七期规式》，为清代“打念佛七”的滥觞。省庵（1686—1734）名实贤，住杭州梵天寺，结社专修净业。所著《劝发菩提心文》，广为缁素传诵。净土宗徒称他为莲宗第九祖。彭际清辑有《省庵禅师语录》二卷。彻悟（1741—1810）号梦东，初从北京广通寺粹如参禅，后继主法席，为道俗所归仰。嘉庆五年（1800）居京郊怀柔红螺山资福寺，倡导念佛，依从者甚众，遂成北方著名净土道场。有《彻悟禅师语录》二卷（体宽《彻悟禅师行略》）。
瑞安（？—1864）字悟和，住红螺山，专修净土。魏源在京时曾从他问法，后应魏源请至高邮弘法，信者极众。仁和许息庵延住扬州藏经院，受院主观如所归敬。其后遍历南京、苏州、泰州、通州诸地，到处弘传净土（程兆鸾《悟和法师传略》）。悟开（？—1830）字豁然，号水云道人，住苏州灵岩山下宝藏寺。通达经论，而专以净土接众。著有《莲宗九祖传略》、《净土知津》、《念佛百问》各一卷（江沅《念佛百问序》）。古昆（？—1892）号玉峰，光绪四年（1878）住杭州弥陀寺，摩崖刻大字《阿弥陀经》。光绪十五年（1889）卓锡慈溪西方寺，盛倡念佛。著有《莲宗必读》、《西方径路》、《净土自警》、《念佛要诀》等书。其弟子芳慧著有《净土承恩集》，照莹著有《净土业痛策》，都继承他倡导净土（沈善登《报恩论》卷下）。
印光（1861—1940）名圣量，号常惭。初学净土于北京红螺山。光绪十九年（1893）南游，居普陀山法雨寺专修。时人辑他所撰文章为《印光法师文钞》。晚年移居苏州灵岩山，寂后门弟子尊他为莲宗第十三祖。
天台宗自明末百松真觉再兴，称为重兴天台教观第一世，幽溪传灯为第二世；以后，藕益智旭、苍辉受晟、警修灵明被继尊为第三、四、五世。天溪受登与受晟为同门、受登弟子灵耀与灵明继绍弘扬台教。受登（1607—1675）住杭州天溪大觉寺专弘天台三十余年。受登的弟子灵乘，字遐运，著有《地藏菩萨本愿经纶贯》及《科注》各一卷。灵耀，字全彰，随侍受登二十余年，康熙初（1662）住嘉兴楞严寺，对《嘉兴藏》的补刻流通很有劳绩。著有《楞严经观心定解》十卷、《法华经释签缘起序指明》一卷、《四教仪集注节义》一卷、《随缘集》四卷等。
清代中叶以后，天台的学者有观竺、广昱、隆范、幻人、寻源、通智、敏曦、定宗祖印、古虚谛闲等。观竺弘教于上海龙华寺，与天童广昱、金陵妙空、杭州玉峰、嘉兴济延五人，同被称为当时法门龙象（《报恩论》卷四）。幻人（1828—1910）名隆范、字献纯。初参大须于焦山，继至天童从广昱听《法华》，众推为天童首座。常讲经于南京及普陀山，与杨文会通信论学，累数万言。著有《法华经性理会解》一卷、《穿珠集》（禅宗语录）二卷（《天童寺续志》卷下《献纯首座塔铭》、杨文会《等不等观杂录》卷五）。通智名寻源，同治十三年（1874）从北京龙泉寺本然出家，得法于浙江普陀佛顶山信真，屡讲《法华经》于宁波天童、南京古林、扬州万寿诸寺，于《楞严》尤有心得，著有《楞严开蒙》十卷（印光《通智法师公堂序》）。
敏曦（1827—1899）字日种，初从温岭明因寺永智受教。历讲《法华经》于嘉兴楞严、上海龙华、杭州天龙诸寺。曾与海盐张常惺同游日本，考察佛教。晚年重兴苏州报恩寺，辑有《苏州报恩塔寺志》（敏曦《苏州报恩塔寺志》）。祖印（1852—1922）名定宗，出家于湖北当阳玉泉寺，后从敏曦、广昱学天台教义，与诗僧寄禅友善。光绪七年（1881）回玉泉寺从香山受法，盛弘天台于湖北荆宜间。光绪二十五年（1899）再游江浙，所至频开讲席（太虚《玉泉祖印宗法师塔铭》）。谛闲（1858—1932）名古虚，号卓三，初于嘉兴楞严寺从敏曦听《法华》，后掩关慈溪圣果寺，专究天台。晚年重兴宁波观宗寺，设弘法研究社。生平讲席遍于各地，为晚近天台宗名家。遗著有《谛闲大师全集》。
清代华严宗的法系，正传旁出，极为纷歧。清初雪浪一系的苍雪、含光等，盛讲《华严》于苏州。杭州方面则以柏亭续法为代表人物。同时北方宝通贤首一派，也出有知名学者多人。苍雪（1588—1656）专讲《华严大疏》，但他好诗，其学为诗名所掩。含光（1599—？）为汰如（明河）弟子，亦弘《华严》。康熙时（1662——1722）雪浪三世孙佛闲（勗六）住南京普德寺，盛讲《华严》、《法华》，时称为华严宗中兴名家？？《法华经科拾》卷七后跋）。
柏亭（1641—1728）名续法，从明源学《华严》教义，为明末祩宏五世法孙。他在杭州弘扬《华严》五十多年，著书二十余种，达六百余卷。他的主要著作有《贤首五教仪》六卷、《贤首五教仪科